กลายเป็นประเด็นใหญ่โตเมื่อ ศ.ดร. สมคิด เลิศไพฑูรย์ อธิการบดีมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ กล่าวในคำถามข้อที่ 11 ที่ตั้งข้อสงสัยกับแถลงการณ์ของกลุ่มนิติราษฎร์ ว่า (ขออนุญาติสะกดตามที่เขียนซึ่งหลายๆชื่อท่านอธิการบดีสะกดผิด)
“ถ้าเรายกเลิกกฏหมายที่ถูกยกเลิกไปแล้วได้ เราจะล้มเลิกการกระทำทั้งหลายและลงโทษคณะรัฐประหารกี่ชุด สุจินดา ถนอม ประภาซ สฤษฎ์ จอมพล ป. อ.ปรีดี หรือจะลงโทษคณะรัฐประหารที่กระทำต่อนายกทักษิณ”
ซึ่งสร้างความไม่สบายใจให้กับศิษย์เก่าและปัจจุบันของธรรมศาสตร์จำนวนไม่น้อย และเมื่อวันที่ 28 กันยายน 2554 นาง ดุษฎี (พนมยงค์) บุญทัศนกุล บุตรสาวของ ศ.ดร. ปรีดี พนมยงค์ ผู้ประศาสน์การมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ตั้งคำถามในหน้า facebook ของ ศ.ดร.สมคิด ว่าเข้าใจผิดอะไรหรือเปล่าถึงเทียบอ.ปรีดีกับคณะรัฐประหาร ซึ่งนายสมคิดได้บอกว่าการรัฐประหารและการปฏิวัติแตกต่างกันและตนเข้าใจอ.ปรีดี ซึ่งบุตรสาวของอ.ปรีดี ได้กล่าวว่า
ขอบคุณค่ะที่นำปรีดีมาเทียบเท่ากับ สุจินดา สฤษดิ์ ถนอม ประภาส จอมพล ป.
วิวาทะอธิการบดี - ลูกสาวผู้ประศาสน์การ - รูปจาก Bus Tewarit
ในการรัฐประหารกันยายน พ.ศ. 2549 สมคิดได้ร่วมร่างรัฐธรรมนูญปี 50 จึงมีผู้ตั้งคำถามว่า เป็นไฉนเขาจึงร่วมหัวจมท้ายกับเผด็จการ สมคิดว่า เขาเรียนและสอนเรื่องรัฐธรรมนูญเรื่อยมา ถึงเวลาต้องมีการร่างรัฐธรรมนูญ ก็ควรเข้าไปร่วม เพื่อให้เนื้อหาออกมาเป็นประชาธิปไตยมากที่สุด
ศาสตราจารย์ ดร. ปรีดี พนมยงค์ หรือ หลวงประดิษฐ์มนูธรรม (11 พฤษภาคม พ.ศ. 2443 — 2 พฤษภาคม พ.ศ. 2526) เป็นผู้นำคณะราษฎรสายพลเรือน ผู้ก่อการเปลี่ยนแปลงการปกครองของสยามจากระบอบสมบูรณาญาสิทธิราชย์ มาเป็นระบอบประชาธิปไตย เมื่อวันที่ 24 มิถุนายน พ.ศ. 2475 เคยดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีของประเทศไทย 3 สมัย และรัฐมนตรีว่าการกระทรวงต่าง ๆ อีกหลายสมัย เป็นผู้ก่อตั้งและผู้ประศาสน์การเพียงคนเดียวของมหาวิทยาลัยวิชาธรรมศาสตร์และการเมือง และเป็นผู้ก่อตั้งธนาคารชาติไทย (ปัจจุบัน คือ ธนาคารแห่งประเทศไทย)
ศ.ดร.ปรีดี พนมยงค์ ผู้ประศาสน์การมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์
สำหรับมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์นั้นถึงจะมีอธิการบดีได้หลายคน แต่ชาวธรรมศาสตร์มีผู้ประศาสน์การเพียงแค่คนเดียวคือศ.ดร. ปรีดี พนมยงค์